Pět hrdinů používá mystické Samurajské Symboly Moci, aby bojovali se zlým Mistrem Xandredem a jeho armádou Nighloků. Xandred je uvězněn na bárce na řece Sanzu a plánuje zatopit celou planetu. V tomto boji nejsou sami. Vševědoucí mentor a speciální duchovní zvířata zvaná Zordy pomáhají odrážet útoky temných jednotek. Pod vedením Mentora Jiiho se tito Strážci nevzdají tak snadno. Červený Strážce je vážný samurajský vůdce, Modrý Strážce je bývalá plavecká olympijská naděje, Zelený Strážce je ten vtipný, který potřebuje dodatečný trénink, Růžová Strážkyně je velkou sestrou týmu, Žlutá Strážkyně musí přijmout svou roli za svou nemocnou sestru. Jejich síly jsou předávány z rodiče na dítě již ze starodávných dob v Japonsku. Když zvětší své Folding Zordy, promění se do Mega Módu a vstoupí do technologických kokpitů, mohou utvořit mocný Samuraj Megazord, mocný válečný stroj.

Během této cesty se do města vrací Jaydenův nejlepší přítel z dětství, Antonio Garcia, se svými vlastními strážcovskými silami Zlatého Strážce. Se svou technickou expertízou byl schopen sestavit svůj vlastní Morfér a opravit neopravitelně poškozený Zord, který mu dal Jayden před lety. Časem se Antonio ukázal být přínosem pro tým a byl oficiálně představen jako 6. Samuraj Strážce.

Samuraj Strážci pokračují ve válce s Nighloky a Mistrem Xandredem, který získal pomoc legendárního váženého krále Nigloků Serratora. Jak Nighlokové sílí každou minutou, Strážci se musí naučit, jak spoutat síly jejich nově získané Černé Schránky, která ji umožní přístup k jejich Super Samuraj Módu a odemkne nové kombinace Megazordů. Později objeví spojenní Černé Schránky k jejich předkům, což jim umožní napojit se na ně a odemknout Shogun Mód, mocnou novou podobu přístupnou pouze z jejich Super Mega Módu. Navíc jejich nová zbraň Býčí Bazuka má opravdu vážnou palebnou sílu.

Jak se blíží konec, přijíždí Jaydenova starší sestra, Lauren Shiba, a odhaluje svou pravou totožnost jako skutečná 18. hlava klanu Shiba. Lauren zaujímá své právoplatné místo Červené Samuraj Strážkyně. Její příjezd téměř rozdělí tým, ale její přívětivá osobnost nakonec přivede všechny dohromady a společně porazí Nighloky a Mistra Xandreda.